Una vez concluida la segunda etapa de la LigaPro 2024, los equipos ecuatorianos clasificados para la Copa Sudamericana 2025 son: Universidad Católica, Aucas, Mushuc Runa y Orense. Estos equipos aseguraron su clasificación tras los resultados de la última fecha de la competencia.

Los clasificados obtuvieron sus cupos al quedar entre los puestos quinto y octavo de la tabla acumulada de la LigaPro 2024. Esta tabla se elabora sumando los puntos obtenidos por cada equipo durante las dos etapas de la temporada.

La Copa Sudamericana 2025 comenzará con una fase previa compuesta por 32 equipos provenientes de Bolivia, Chile, Colombia, Ecuador, Paraguay, Perú, Uruguay y Venezuela. En esta fase, los equipos se enfrentarán entre sí en eliminatorias a partido único dentro de su país. Los 16 ganadores avanzarán a la fase de grupos, donde se unirán clubes de Argentina, Brasil y algunos equipos eliminados en las fases preliminares de la Copa Libertadores.